ചേരമാന് പെരുമാളുടെ ഭരണകാലത്ത് കൊച്ചി രാജ്യത്തെ പ്രലനായ നാടുവാഴിയായിരുന്നു അയ്യന് തിരുകണ്ഠന്. അയിത്തം തുടങ്ങിയ അനാചാരങ്ങള് കൊടികുത്തി വാണിരുന്ന അക്കാലത്ത് ദളിതനായ ഒരാള് നാടുവാഴിയാകുക എന്നത് നമുക്ക് അസംഭവ്യമായി തോന്നാമെങ്കിലും അതായിരുന്നു വാസ്തവം. രാജാവിനെ പൊന്വില്ക്കാശുകൊണ്ട് 101 പറ വച്ച് എതിരേറ്റ നാടുവാഴി, തനിക്ക് സമാന്തനായിരുന്നുകൂടാ എന്ന ഗൂഢലക്ഷ്യത്തോടെ രാജാവ് അയ്യന് തിരുകണ്ഠനെ കൊലചെയ്തുവത്രേ.
തിരുകണ്ഠന്റെ കാലശേഷം അദ്ദേഹത്തിന്റെ കുലദേവതയായിരുന്ന ഭഗവതി, നാട്ടുകാര് അയ്യപ്പ പ്രതിഷ്ഠക്കായി തീര്ത്ത ശ്രീകോവിലില് പ്രതിഷ്ഠയ്ക്കുമുമ്പുതന്നെ കുടികൊണ്ടുവത്രേ. പ്രസ്തുത അയ്യപ്പന്കാവ് ലോപിച്ചാണത്രെ അയ്യങ്കാവ് എന്ന് പില്ക്കാലത്ത് അറിയപ്പെട്ടത്. ഭഗവതിയോളം പ്രാമുഖ്യം കൊടുത്ത് കുടുംസ്ഥനായ ശാസ്താവിനെ മതില്ക്കു പുറത്ത് ഇവിടെ പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിക്കുന്നു. പില്ക്കാലത്ത് ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഉടമസ്ഥാവകാശം കൂടല്മാണിക്യം ദേവസ്വം ഏറ്റെടുത്തു. ഈയടുത്തകാലം വരെ 'അയ്യന് തിരുകണ്ഠന് വക' എന്ന് അടയാളപ്പെടുത്തിയ പാത്രങ്ങളും മറ്റും കൂടല്മാണിക്യം ദേവസ്വം ഖജനാവില് ഉണ്ടായിരുന്നതായി പൂര്വ്വികര് സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തുന്നു. വാല്ക്കണ്ണാടിയുടെ രൂപത്തിലുള്ള ഈ ദേവിപ്രതിഷ്ഠ, പ്രതിഷ്ഠാ സമയത്തെ ചില പ്രത്യേകതകള് കൊണ്ടാണേ്രത ഭദ്രകാളി സങ്കല്പത്തിലും ശാന്തസ്വരൂപിണിയായി സര്വ്വാഭീഷ്ടപ്രദായിനിയായി ഇവിടെ കുടികൊള്ളുന്നത്.
ശ്രീകോവിലിനു തൊട്ടടുത്ത് വിഘ്നേശ്വര പ്രതിഷ്ഠയും മതിലിനു പുറത്ത് ശാസ്താവിന്നഭിമുഖമായി ദേവിയുടെ അംശമായ രുധിരമാലയേയും പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിക്കുന്നു. മതില്ക്കെട്ടിനു വെളിയില് ഈ ക്ഷേത്രത്തിലെ മണ്മറഞ്ഞുപോയ കോമരങ്ങളേയും പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിക്കുന്നു.
NB: ക്ഷേത്രത്തില് മകരമാസത്തില് പൂയം നക്ഷത്രം പ്രതിഷ്ഠാദിനമായും മീനമാസം 1-ാം തിയ്യതി താലപ്പൊലിയും ആഘോഷിച്ചുവരുന്നു.